La recherche en bioinformatique à l'UQAM touche différents sous-domaines de cette discipline, y compris l'évolution, la génomique, la protéomique, la recherche biomédicale, la pharmacologie, l'écologie, la foresterie et l'industrie agroalimentaire.

Les professeurs Abdoulaye Baniré Diallo, Vladimir Makarenkov, Vladimir Reinharz, Anne Bergeron, François Ouelette, Steven Kembel, Mario Houde, Fathey Sarhan et Karim Oualkacha mènent la recherche dans le domaine de la bioinformatique en dirigeant leur laboratoire de recherche.

Les étudiants des cycles superieurs dirigés par ces professeurs ont la possibilité de s'inscrire aux programmes gradués suivants à l'UQAM : DESS en Bioinformatique, Maîtrise en Informatique (ayant une option Bioinformatique), Maîtrise en Biologie, Doctorat en Informatique, Doctorat en Biologie et Doctorat en Informatique Cognitive.